Trên website Phụ nữ Việt Nam viết:

Dưới thời phong kiến ở Việt Nam, tư tưởng "trọng nam khinh nữ" đã không cho giới nữ được bình đẳng với nam giới, kể cả việc học hành, thi cử. Vậy mà có một người con gái tài sắc, đức độ, trí tuệ trác việt đã vượt qua luật lệ khắt khe đó, đạt tới học vị tiến sĩ. Đó là Nguyễn Thị Duệ.[8]

Danh sĩ Vũ Phương Đề khen ngợi bà là:

Lễ sư thông tuệ, nhất kính chiếu tam vương (Công Dư tiệp ký)

Tháp mộ Nguyễn Thị Duệ trên đỉnh một quả đồi cạnh núi Phượng Hoàng (Chí Linh, Hải Dương). Cuối triều Lê, Tinh Phi cổ tháp được xếp vào hàng Chí Linh bát cổ, trong đó có những câu:

Lạ thay nhất kính chiếu ba vươngKiệt Đặc tinh phi vốn cố hươngĐẹp tuyệt trần gian thêm sắc sảoĐỗ đầu thi Hội nổi văn chươngMất còn truyện ấy thây dâu bểMến trọng ơn này, tự phấn hươngGia ký hai câu còn để lạiTháp hoa đầu núi mấy tinh sương

Đình làng Kiệt Đoài có một pho tượng đẹp gọi là Vua Bà (tức Nguyễn Thị Duệ) và một sắc phong thờ phụng: "chánh vương phủ, thị nội cung tần, lế sư Nguyễn Thị Ngọc tôn thần. Người có công giúp nước, che chở cho dân...". Ngoài ra tại thôn Trung Hà, xã Nam Tân, huyện Nam Sách (đất phong của bà, khi địa phương này thuộc huyện Chí Linh) cũng có đền thờ bà gồm có tượng và sắc phong từ hơn 100 năm của các triều đại phong kiến Việt Nam, hiện vẫn còn tồn tại. Theo GSTS Nguyễn Lân Dũng, bà được coi là Nữ tiến sĩ đầu tiên ở Việt Nam. [9]

Năm 2004, có tám vị đại khoa của Hải Dương là hiền tài của đất nước được đúc tượng đồng và khám thờ, trong đó có nữ Tiến sĩ Nguyễn Thị Duệ. Bà được thờ cùng Khổng Tử tại hậu cung Văn miếu Mao Điền (Hải Dương).

Tháng 12-2020, Ủy ban Nhân dân Thành phố Hà Nội quyết định đặt tên Nguyễn Thị Duệ cho một con phố ở Quận Cầu Giấy.[10]